1用1 mL无菌吸管或微量移液器吸取1:10样品匀液1 mL，沿管壁缓慢注于盛有9 mL稀释液的无菌试管中（注意吸管或吸头尖端不要触及稀释液面），在振荡器上振荡混匀，制成1:100的样品匀液。
2按6.1.3操作，制备10倍系列稀释样品匀液。每递增稀释一次，换用1次1 mL无菌吸管或吸头。
3根据对样品污染状况的估计，选择1个～3个适宜稀释度的样品匀液（液体样品可包括原液），吸取1 mL样品匀液于无菌培养皿内，每个稀释度做两个培养皿。同时，分别吸取1 mL空白稀释液加入两个无菌培养皿内作空白对照。
4及时将15 mL～20 mL冷却至46℃～50℃的平板计数琼脂培养基（可放置于48℃±2℃恒温装置中保温）倾注培养皿，并转动培养皿使其混合均匀。
5水平放置待琼脂凝固后，将平板翻转，36℃±1℃培养48 h±2 h。水产品30℃±1℃培养72 h±3 h。如果样品中可能含有在琼脂培养基表面蔓延生长的菌落，可在凝固后的琼脂培养基表面覆盖一薄层平板计数琼脂培养基（约4 mL），凝固后翻转平板，进行培养。
6如使用菌落总数测试片，应按照测试片所提供的相关技术规程操作。
7可用肉眼观察，必要时用放大镜或菌落计数器，记录稀释倍数和相应的菌落数量。菌落计数以菌落形成单位(colony forming unit, CFU)表示。
8选取菌落数在30 CFU～300 CFU之间、无蔓延菌落生长的平板计数菌落总数。低于30 CFU的平板记录具体菌落数，大于300 CFU的可记录为多不可计。
9其中一个平板有较大片状菌落生长时，则不宜采用，而应以无较大片状菌落生长的平板作为该稀释度的菌落数；若片状菌落不到平板的一半，而其余一半中菌落分布又很均匀，可计算半个平板后乘以2，代表一个平板菌落数。
10当平板上出现菌落间无明显界线的链状生长时，则将每条单链作为一个菌落计数。